L’Association pour la Promotion de l’Enseignement et de la Recherche en Aménagement et Urbanisme (APERAU) a été créée en 1984. Elle réunissait alors les six institutions formant en France à l’urbanisme et l’aménagement sur une base pluridisciplinaire, lesquelles s’étaient réunies pour mettre en commun les expériences acquises depuis dix à quinze ans (la plupart avaient été créées dans la période qui avait suivi 1968). L’objectif de cette association était de distinguer les formations pratiquant une réelle pluridisciplinarité et associant études théoriques et pratique professionnelle,  afin de répondre à des critiques formulées dans les milieux professionnels sur la qualité de la formation en urbanisme et aménagement.

L’acte fondateur de l’APERAU a été l’adoption d’une charte. Cette dernière à été enrichie tout au long des 30 dernières années par des discussions avec des partenaires publics (ministères en charge de l’urbanisme ou de l’enseignement supérieur) , les organisations de la profession, et le débat entre institutions universitaires de différents pays lorsque en 1997, au congrès « refondateur » de Tours, l’APERAU est devenu internationale, avec l’entrée de membres d’Afrique du Nord et du Québec. 

A l’Assemblée générale de Tunis en 1998, une nouvelle charte de l’APERAU, adaptant le document originel à la diversité des situations nationales, a été adoptée. En 2000, l’APERAU a demandé à devenir membre de l’Agence Universitaire de la Francophonie, dont elle est désormais un des 11 réseaux. La charte a été de nouveau amendée à Lille en 2005 pour tenir compte de la transformation des diplômes issue du processus de Bologne (Licence – Master – Doctorat) en Europe comme dans une partie de la francophonie. Des sections régionales, France-Europe, Afrique-Maghreb-Orient, et Amériques, se sont progressivement constituées, et ont été confortées par une réforme des statuts à l’Assemblée générale de Québec en 2008.

Le premier président de l’APERAU internationale a été Pierre Merlin, successivement Directeur de l’Institut Français d’Urbanisme, puis professeur à l’Université Paris 1, de 1997 jusqu’en 2004. Lui ont succédé Moncef Ben Slimane, chef du département d’urbanisme de l’ENAU (Université de Carthage) de 2004 à 2008, Didier Paris, Directeur de l’Institut d’Aménagement et d’Urbanisme de Lille (Université Lille 1) de 2008 à 2012, Jean-Luc Quoistiaux, Directeur de l’Institut d’Urbanisme et d’Aménagement du Territoire de l’Université Libre de Bruxelles de 2012 à 2014,  Franck Scherrer, Directeur de l’Institut d’Urbanisme de l’Université de Montréal de 2014 à 2018 et Naima Chabbi-Chemrouk, Directrice du Laboratoire Architecture et Environnement de l’Ecole Polytechnique d’Architecture et d’Urbanisme, EPAU d’Alger de 2018 à 2021.  Suite à l’élection tenue lors de l’Assemblée Générale du 14 Juin 2021 , c’est désormais, Marc Dumont, Directeur de l’Institut d’Aménagement et d’Urbanisme de Lille (Université de Lille) qui occupe le poste de président de l’APERAU internationale.